La flore intestinale, également appelée microflore intestinale ou microbiote intestinal, est un ensemble de micro-organismes qui vivent dans les intestins. Non pathogènes, ces micro-organismes jouent un rôle essentiel dans la digestion et la défense de l'organisme. A ce titre, un déséquilibre de la flore intestinale peut avoir des effets néfastes.

Qu'est-ce que la flore intestinale ou le microbiote intestinal ?

La flore intestinale, aussi appelée microbiote intestinal, représente un ensemble de micro-organismes présents dans les intestins. Ces micro-organismes sont dits commensaux, c'est-à-dire qu'ils vivent dans symbiose avec le corps humain. Ils sont non pathogènes et contribuent au bon fonctionnement de l'organisme.

Quelle est la composition du microbiote intestinal ?

La flore intestinale était autrefois appelée flore bactérienne intestinale car des études suggéraient qu'elle était constituée uniquement de bactéries. Grâce aux avancées scientifiques, il est désormais reconnu que la flore intestinale est en réalité constituée de nombreux micro-organismes dont :

• différentes souches bactériennes ;
• virus ;
• levures ;
• Champignon ;
• protozoaires.

La fonction du microbiote intestinal en transit

Plusieurs études ont confirmé le rôle essentiel de la flore intestinale dans le transit digestif. Un déséquilibre du microbiote intestinal pourrait être à l'origine de troubles digestifs.

Le rôle de la flore intestinale dans la digestion

La flore intestinale contribue à la digestion des aliments ingérés, en participant notamment à :

• la dégradation de certains résidus alimentaires y compris certaines fibres végétales ;
• hydrolyse des lipides alimentaires ;
• la dégradation de certaines protéines ;
• assimilation des nutriments ;
• la synthèse de certaines vitamines.

L'importance de la flore intestinale pour la défense de l'organisme

Le microbiote intestinal participe à la défense immunitaire de l'organisme. Les micro-organismes de la flore intestinale agissent notamment pour :

• empêcher l'installation de certains agents pathogènes ;
• limiter le développement infectieux ;
• stimuler le système immunitaire.

Autres rôles potentiels à l'étude pour la flore intestinale

Plusieurs études montrent qu'il existe également une interaction entre le cerveau et le microbiote intestinal. Un déséquilibre de la flore intestinale pourrait notamment affecter les informations transmises au système nerveux central.

Qu'est-ce que la dysbiose

La dysbiose correspond à une déséquilibre de la flore intestinale. Cela peut se traduire notamment par :

• un déséquilibre entre certains micro-organismes, en particulier entre les agents pro-inflammatoires et les agents anti-inflammatoires ;
• la prédominance de certains micro-organismes telles que les entérobactéries ou les fusobactéries ;
• l'épuisement ou l'absence de certains micro-organismes comme les bactéries Faecalibacterium prausnitzii.

Quel est le risque de complications ?

Les recherches sur la flore intestinale montrent que la dysbiose pourrait être impliquée dans le développement de certaines maladies dont :

• maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI), comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique, qui se caractérisent par une réponse immunitaire inadéquate dans l'intestin ;
• Troubles métaboliques, comme le diabète de type 2 et l'obésité, qui affectent le fonctionnement du corps ;
• le cancer colorectal, lorsqu'une tumeur se développe dans le côlon;
• certaines maladies neurologiques, en raison du lien entre le microbiote intestinal et le cerveau.

Quels sont les facteurs de risque de dysbiose ?

Un déséquilibre de la flore intestinale peut être favorisé par certains facteurs tels que :

• une mauvaise alimentation ;
• prendre certains médicaments;
• stress.

Mesures préventives pour le maintien de la flore intestinale

Il est possible de prévenir la dysbiose en limitant les facteurs de risque. Pour cela, il faut adopter une alimentation saine et équilibrée, pratiquer une activité physique régulière et limiter les facteurs de stress et d'anxiété.

Une supplémentation nutritionnelle pour restaurer la flore intestinale

L'utilisation de compléments alimentaires est souvent recommandée pour restaurer naturellement la flore intestinale. L'équilibre du microbiote intestinal peut être préservé grâce à :

• probiotiques, qui sont des micro-organismes vivants bénéfiques pour l'équilibre de la flore intestinale ;
• prébiotiques, qui sont des substances qui favorisent le développement et le fonctionnement des bactéries de la flore intestinale ;
• symbiotique, qui sont un mélange de prébiotiques et de probiotiques.

Transplantation microbienne fécale

Dans les cas les plus graves, une transplantation de certains microorganismes de la flore intestinale pourrait être envisagée.

Examens préliminaires : évaluation de certains marqueurs

L'analyse de la flore intestinale est souvent motivée par des doutes lors d'une examen physique. En cas de suspicion lors de cet examen, le professionnel de santé peut demander des analyses complémentaires. Les mesure de certains marqueurs biologiques peut notamment être réalisée. La présence de certains marqueurs inflammatoires spécifiques peut par exemple être recherchée pour confirmer le développement d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI).

Coproculture : examen de la flore des selles

La coproculture est un examen bactériologique des selles. Bien que cette analyse ne donne pas la composition exacte de la flore intestinale, la coproculture donne des informations essentielles pour orienter ou confirmer un diagnostic.

Cette analyse bactériologique peut être associée à une examen parasitologique des selles (EPS) pour vérifier la présence de parasites.

Endosque ? Tarte digestive : analyse invasive de la flore intestinale

L'endoscopie digestive, également appelée fibroscopie digestive, peut :

• visualiser l'intérieur du tube digestif identifier la présence de lésions;
• faire une biopsie pour analyser les tissus et la composition de la flore intestinale.

Progresser vers une technique d'analyse moins invasive ?

Si l'endoscopie est une technique d'analyse invasive, il sera peut-être bientôt possible de réaliser une analyse de la flore intestinale au même titre qu'une prise de sang. Cela pourrait être rendu possible grâce à l'utilisation de puces à ADN.

La richesse de la flore intestinale

Selon les chercheurs, il existe entre mille milliards et cent mille milliards de micro-organismes dans la flore intestinale. Elles sont ainsi deux à dix fois plus nombreuses que toutes les cellules présentes dans le corps humain.

Un microbiote intestinal complexe et unique

Le microbiote intestinal est un écosystème complexe et unique. Avec près de 200 espèces différentes de micro-organismes, sa composition exacte dépend de chaque individu. La flore intestinale se crée dès la naissance et évolue au fil des années en fonction de divers facteurs dont la génétique, l'alimentation et l'environnement.

Des perspectives prometteuses

Les travaux menés sur la flore intestinale ouvrent des perspectives thérapeutiques prometteuses. Une analyse approfondie de la flore intestinale pourrait conduire au développement de nouveaux traitements, qui pourraient être personnalisés en fonction du profil de la flore intestinale de chaque personne.