Chez le jeune enfant, en cas d'anomalie hormonale, le traitement peut consister en des injections de Testostérone, dont la posologie et la régularité sont fixées par l'endocrinologue. Ce traitement bien suivi augmente la taille du pénis. Lorsque le micropénis est causé par des tissus de la verge insensibles à la testostérone, ce traitement hormonal est sans effet.

Plus le micropénis est détecté tôt, plus le traitement est mis en place rapidement, plus il sera efficace. Un traitement peut également être nécessaire autour de la puberté. Après la puberté, le traitement hormonal n'est plus efficace car les tissus ne réagissent plus de la même manière.

Traitement chirurgical du micropénis     

A l'âge adulte, lorsque le micropénis n'a pas été traité ou lorsque le traitement n'a pas été suffisamment efficace, le chirurgie est possible. Cependant, il ne présente pas toujours des résultats probants.

La section du ligament suspensif du pénis, qui va du pénis au pubis, peut être proposé. Il ne modifie en rien le pénis mais le détache partiellement du pubis, le faisant paraître plus long. Le gain observé est de 1 à 2 cm à l'état flasque et de 1,7 cm en érection. Cet allongement est acquis au prix d'un pénis en érection instable, puisqu'il est moins bien attaché au pubis, ce qui peut rendre la pénétration moins facile.

LESinjection de graisse autologue consiste à injecter la graisse du sujet sous la peau de son pénis. Cela n'allonge en aucun cas le pénis, mais le rend visuellement plus épais. Seule une partie de la graisse mise en place n'est pas absorbée par l'organisme dans le temps (10 à 50 % selon les sujets). La résorption peut être inégale et conduire à un aspect de pénis « chapelet ».

Le micropénis peut avoir des répercussions psychologiques importantes, notamment à l'adolescence, il est important que la personne soit aidée et ses doutes pris en compte.