Le traitement commence par la prise en charge des facteurs responsables de l'apparition de la gastrite (quand on les connaît !). Ainsi, le médecin peut suggérer d'arrêter les AINS impliqués jusqu'à ce que les symptômes disparaissent. 

Dans la gastrite aiguë, qui ne dure généralement que quelques jours, le médecin peut inciter son patient à prendre des repas liquides, qui permettent à l'estomac de se reposer. Les antiacides peuvent apporter un soulagement. 

En cas de gastrite chronique, la prise en charge est différente. Si cela est dû à la présence de la bactérie Helicobacter pylori, un traitement antibiotique est instauré (par exemple amoxicilline et clarithromycine). À cela peuvent être ajoutés des pansements gastriques, des analgésiques ou des médicaments qui réduisent l'acidité gastrique tels que les inhibiteurs des récepteurs H2 de l'histamine également appelés antihistaminiques H2 ou inhibiteurs de la pompe à protons (IPP tels que l'ésoméprazole, le lansoprazole, l'oméprazole, le pantoprazole et le rabéprazole).