Selon la Société de l'arthrite, « Il n'existe pas encore de remède contre l'arthrite juvénile. Cependant, il existe des médicaments qui peuvent diminuer l'inflammation causée par l'arthrite et peut donc améliorer l'efficacité des programmes d'exercice et minimiser les dommages articulaires permanents. » Il est généralement nécessaire quelques mois avant que les médicaments ne fassent effet.

Les médicaments utilisés sont du même type que ceux indiqués pour la polyarthrite rhumatoïde. Certains ont pour effet de diminuer les symptômes (anti-inflammatoires non stéroïdiens et corticoïdes), tandis que d'autres ralentissent la progression de la maladie (médicaments antirhumatismaux à long terme).

A noter que, pour les enfants, une grande place est également donnée aux exercices de rééducation : avec un ergothérapeute ou un kinésithérapeute, un plan d'exercice est défini pour assurer croissance harmonieuse ainsi que développement musculaire, ainsi que pour éviter la perte deamplitude de mouvement ainsi que blessure ou déformations permanentes. Il est parfois indiqué de réaliser des exercices en eau chaude (balnéothérapie). Dans certains cas, attelles sont utilisés pour soutenir les articulations (de jour ou de nuit) pour éviter qu'elles ne soient trop sollicitées.