On parle de flore polymorphe lorsque les cultures biologiques révèlent plusieurs bactéries différentes dans un fluide analysé (urine, prélèvements vaginaux, crachats, selles, etc.). Rien d'inquiétant lorsqu'il est associé à une absence de globules blancs.

De nombreux micro-organismes (bactéries) sont normalement présents dans ou sur le corps humain de sujets sains. Contrairement aux bactéries pathogènes (qui sont responsables de maladies), ces bactéries commensales (qui vivent en symbiose avec le corps humain) participent activement à la défense de l'organisme, à son fonctionnement et au bon état de ses muqueuses.

Ces bactéries commensales peuvent être divisées en 4 flores principales :

• cutané (peau),
• respiratoire (arbre respiratoire),
• génital,
• digestif.

Parmi les flores les plus complexes, celle du tube digestif transporte en permanence environ 100 milliards de bactéries principalement localisées dans le côlon.

Un être humain loge ainsi 10¹⁴ cellules bactériennes en permanence.

« Il est donc normal de retrouver plusieurs typologies de bactéries lors d'un examen de culture d'un fluide, que ce soit sur la peau, la sphère ORL, le tube digestif ou encore le vagin », confirme le Pr Franck Bruyère, chirurgien urologue. . Mais dans le cadre d'une recherche d'infection, il faut pouvoir les identifier et les quantifier ».

On peut ainsi parler de flore polymorphe si plusieurs bactéries sont présentes dans un examen d'analyse biologique. C'est souvent le cas en ECBU (examen cytobactériologique urinaire) ; mais aussi dans les coprocultures (échantillons de selles), les frottis cutanés, les frottis vaginaux ou les examens d'expectoration (ECBC).

En culture usuelle, dans des milieux habituellement stériles, comme dans l'urine, la présence d'une flore polymorphe dans une ECBU, par exemple, indique une contamination de l'échantillon par des bactéries externes ou une infection.

« Si le patient ne présente aucun symptôme et que son ECBU revient polymorphe ou polybactérien, ce n'est pas une source d'inquiétude. Il s'agit généralement d'une tache : au moment du prélèvement, l'urine peut avoir touché la vulve, le méat urétral ou les doigts ou le flacon de prélèvement n'était pas stérile. Du coup, des germes se sont développés ». Pour avoir des résultats fiables, les urines doivent être collectées dans des conditions d'hygiène parfaites.

« En revanche, chez un patient fiévreux et suspect d'infection, une ECBU à flore polymorphe est plus problématique. Le médecin a besoin de savoir quels germes se trouvent dans le fluide à un taux de plus de 1000 bactéries par millilitre afin de préciser le traitement médical le plus indiqué ».

Le médecin demandera alors au microbiologiste d'identifier les germes à l'aide d'un antibiogramme : cette technique permet de tester la sensibilité d'une souche bactérienne à plusieurs antibiotiques.

La présence simultanée de germes (flore polymorphe) et de globules blancs (leucocytes) dans les urines indique l'existence d'une infection urinaire. Il faut alors refaire un ECBU.

Dans certains cas, la présence d'une flore polymorphe peut être un problème. « Par exemple, il est courant de demander une ECBU quelques jours avant une intervention où il existe un risque d'infection urinaire comme une résection de la prostate, une résection de la vessie ou l'ablation d'un calcul dans un rein. Si l'ECBU revient avec une flore polymorphe, il n'y a pas le temps de re-culturer, qui prend généralement 3 jours. On demandera alors une analyse directe, sans culture afin d'évaluer les risques ».

L'antibiogramme permettra au médecin de choisir le meilleur traitement antibiotique individualisé contre la souche bactérienne responsable de l'infection.