Le CHIKV se transmet à l'homme par la piqûre de moustiques du genre Aedes, qui sont également les agents responsables de la transmission de la dengue, du zika et de la fièvre jaune. Deux moustiques de la famille Aedes sont capables de transmettre le virus Zika, Aedes aegypti dans les zones tropicales ou subtropicales, et Aedes albopictus (le moustique « tigre ») dans les zones plus tempérées.

Le moustique (seule la femelle pique) contracte le virus en piquant une personne ou un animal infecté et peut ensuite transmettre ce virus en piquant un autre individu. Celles Aedes sont principalement actifs en début et en fin de journée.

Le virus CHIKV, lorsqu'il est injecté par la salive de moustique à un homme ou une femme, se diffuse dans le sang et les ganglions lymphatiques, puis atteint certains organes, principalement le système nerveux et les articulations.

La personne infectée par le chikungunya n'est pas directement contagieuse à un autre être humain. Par contre, s'il est à nouveau piqué par un moustique comme celui-ci Aedes, il lui transmet le virus, et ce moustique peut alors transmettre la maladie à une autre personne.

La transmission du virus chikungunya par transfusion sanguine ou greffe d'organe serait possible, d'où les mesures de précaution prises pour exclure les personnes atteintes de la maladie du don de sang. Le virus peut également être transmis de la mère à l'enfant pendant la grossesse ou l'accouchement.