La allergies au chocolat sont possibles même s'ils sont rares. Le phénomène allergique dans ce cas vient des protéines du cacao. La personne allergique qui en consomme éprouve alors des difficultés respiratoires, des maux de tête, des éruptions cutanées, de la tachychardie, des démangeaisons et une sensation de brûlure à l'estomac.

Ces symptômes peuvent également être observés chez les personnes allergiques aux éléments qui composent le chocolat (noix, protéines de lait, etc..), même s'ils ne sont donc pas vraiment allergiques au cacao en soi.